Duchovní službu vede hlavní kaplan ve spolupráci s poradcem ministra obrany pro duchovní službu v rezortu Ministerstva obrany ČR. Kandidáty na hlavního kaplana i poradce ministra obrany navrhují ministru obrany společně Česká biskupská konference a Ekumenická rada církví.
Přehled hlavních kaplanů od obnovení duchovní služby v rezortu Ministerstva obrany ČR:
1. hlavní kaplan plk. Mons. ThLic. Tomáš Holub, Th.D. působil v letech 1998 - 2006
2. hlavní kaplan plk. Mgr. Jan Kozler působil v letech 2006 - 2015
3. hlavní kaplan plk. gšt. ICLic. Mgr. et Mgr. Jaroslav Knichal působí od roku 2015
Přehled poradců ministra obrany pro duchovní službu v rezortu Ministerstva obrany ČR:
Mgr. Jaromír Dus působil jako poradce v letech 1998 - 2004
Mgr. Miloslav Kloubek působil jako poradce v letech 2004 - 2006
Mons. ThLic. Tomáš Holub, Th.D. působil jako poradce v letech 2006 - 2016
Mgr. Pavel Ruml působí jako poradce od roku 2017
