První vojenský kaplan v Armádě České republiky začal působit v české jednotce IFOR/SFOR v Bosně a Hercegovině v roce 1996. Na základě této pozitivní zkušenosti armády s vojenskými kaplany vznikla v roce 1998 dohoda mezi rezortem ministerstva obrany na straně jedné a církvemi sdruženými v České biskupské konferenci a Ekumencké radě církví na straně druhé, o duchovní službě v rezortu ministerstva obrany.
Duchovní služba má za úkol zejména:
- podporovat velitele všech stupňů v jejich odpovědnosti za naplňování a ochranu lidského rozměru života každého vojáka v činné službě a občanského zaměstnance (dále jen pracovníků rezortu Ministerstva obrany);
- nabízet pomoc při řešení osobních krizí i těžkostí, které vznikají v pracovním, osobním a rodinném životě pracovníků rezortu Ministerstva obrany;
- přispívat k rozvíjení a prohlubování demokratických tradic evropské kultury v rezortu Ministerstva obrany;
- vytvářet podmínky pro naplňování ústavně zaručených lidských práv, která souvisejí se svobodou vyznání pro pracovníky rezortu Ministerstva obrany ve všech situacích spojených s plněním jejich služebních a pracovních povinností.
Duchovní službou Armády České republiky prošlo od jejího obnovení v roce 1998 přes 40 vojenských kaplanů z 9 křesťanských církví.
